สำนักดิจิทัลการแพทย์ แบ่งเป็น 4 กลุ่มงาน มีหน้าที่และอำนาจ ดังต่อไปนี้

1. ศึกษา วิเคราะห์ วิจัย งานนวัตกรรมดิจิทัลด้านการแพทย์ เพื่อสนับสนุนงานบริการ งานวิชาการ งานบริหารของกรมการแพทย์
2. สร้างรูปแบบและวิธีการในการพัฒนางานเทคโนโลยีดิจิทัล นวัตกรรม และปัญญาประดิษฐ์ด้านการแพทย์ ไปสู่การปฏิบัติ เพื่อยกระดับการให้บริการประชาชนและการเข้าถึงบริการสุขภาพได้อย่างทั่วถึงและเท่าเทียม
3. จัดทำมาตรฐาน แนวปฏิบัติ หลักเกณฑ์ และกรอบการดำเนินงานด้านเทคโนโลยีดิจิทัล รวมทั้ง การรักษาความมั่นคงปลอดภัย และการคุ้มครองข้อมูลส่วนบุคคล ให้เป็นไปตามหลักธรรมาภิบาล และกฎหมายที่เกี่ยวข้อง
4. จัดทำแผนพัฒนาดิจิทัลการแพทย์ แผนปฎิบัติการ แผนพัฒนาบุคลากรด้านเทคโนโลยีดิจิทัล เพื่อขับเคลื่อนการให้บริการการแพทย์และสุขภาพสอดรับยุทธศาสตร์ของกรมการแพทย์ และกระทรวงสาธารณสุข 
5. บริหารงานโครงการด้านเทคโนโลยีดิจิทัล กำกับ ติดตาม ประเมินผลการดำเนินงานโครงการและตัวชี้วัดด้านเทคโนโลยีดิจิทัล รวมทั้งให้คำปรึกษาในการพัฒนานวัตกรรมดิจิทัล และการดำเนินงานตามหลักธรรมภิบาลดิจิทัล
6. ปฏิบัติงานอื่นๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย

1. ศึกษา วิเคราะห์ วิจัย ระบบงานบริการดิจิทัลการแพทย์ เพื่อยกระดับการบริการการแพทย์ให้มีคุณภาพและมั่นคงปลอดภัย
2. ออกแบบ และพัฒนาโปรแกรมประยุกต์ ระบบเชื่อมโยงข้อมูล เพื่อให้ระบบมีคุณภาพสนับสนุนงานบริการ งานวิชาการ งานบริหารของกรมการแพทย์ 
3. บริหารจัดการโครงสร้างพื้นฐานด้านเทคโนโลยีดิจิทัล เพื่อสนับสนุนการปฏิบัติงานและรองรับการใช้งานด้านเทคโนโลยีดิจิทัลตามภารกิจของกรมการแพทย์
4. จัดทำคู่มือระบบงาน เอกสารด้านเทคนิคฮาร์ดแวร์และซอฟแวร์ เอกสารมาตรฐานการปฏิบัติงาน (SOP) เพื่อสนับสนุนการพัฒนา การบริหารจัดการ และการให้บริการด้านเทคโนโลยีดิจิทัล 
5. ให้คำปรึกษาในการออกแบบ พัฒนา ติดตั้ง บริหารจัดการ และบำรุงรักษาระบบงานบริการดิจิทัล โครงสร้างพื้นฐาน และการเชื่อมโยงข้อมูล
6. ปฏิบัติงานอื่นๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย

1. ศึกษา วิเคราะห์ วิจัย และพัฒนาคลังข้อมูลการแพทย์และสุขภาพ เพื่อยกระดับการให้บริการข้อมูลการแพทย์และสุขภาพของกรมการแพทย์ และกระทรวงสาธารณสุข
2. สร้างรูปแบบและวิธีการในการจัดการข้อมูลขนาดใหญ่และเชื่อมโยงข้อมูลการแพทย์และสุขภาพจากแหล่งต่างๆ ทั้งภายนอกและภายใน และสามารถนำเสนอข้อมูลสุขภาพ เพื่อเป็นศูนย์อ้างอิงสารสนเทศการแพทย์ใช้ในการพยากรณ์ การวางแผน การตัดสินใจ และจัดทำข้อเสนอเชิงนโยบายด้านการแพทย์และสาธารณสุข
3. จัดทำโครงสร้างมาตรฐานข้อมูล ชุดข้อมูลการให้บริการการแพทย์ที่มีคุณภาพ ถูกต้อง และพร้อมใช้งาน 
4. ให้คำปรึกษา และถ่ายทอดความรู้ในการจัดการข้อมูล การสืบค้นและประมวลผลข้อมูลขนาดใหญ่ เพื่อการวิเคราะห์และจัดทำรายงานข้อมูลสุขภาพ
5. กำกับ ติดตาม บริหารจัดการข้อมูลการแพทย์สุขภาพ รวมทั้งวิเคราะห์และจัดทำสถิติการให้บริการการแพทย์
6. ปฏิบัติงานอื่นๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย

1. ศึกษา วิเคราะห์ และสร้างวิธีการในการนำเทคโนโลยีดิจิทัล สนับสนุนการบริหารจัดการงานอำนวยการของหน่วยงานให้สะดวกและรวดเร็ว
2. บริหารจัดการแผนงบประมาณประจำปีและโครงการด้านเทคโนโลยีดิจิทัลของหน่วยงาน รวมทั้งกำกับ ติดตาม ผลการดำเนินงานให้เป็นไปตามแผนและเป้าหมายที่กำหนด
3. บริหารจัดการงานด้านทรัพยากรบุคคล โครงสร้างหน่วยงาน การประเมินผลบุคลากรและการพัฒนาสมรรถนะบุคลากรของหน่วยงาน
4. บริหารจัดการงานการเงิน งานการคลัง งานงบประมาณและพัสดุ และจัดทำแผนการจัดซื้อจัดจ้าง รวมทั้งระบบการจัดซื้อจัดจ้างให้ถูกต้องตามระเบียบ
5. บริหารจัดการงานธุรการ งานสารบรรณ งานบริหารความเสี่ยงและงานควบคุมภายในของหน่วยงาน
6. ส่งเสริม สนับสนุน และประสานความร่วมมือในการดำเนินงานของเครือข่ายที่เกี่ยวข้องของหน่วยงาน
7. กำกับ ติดตามและประเมินผลการดำเนินงานตามตัวชี้วัดคำรับรองการปฏิบัติราชการประจำปีของหน่วยงาน
8. ปฏิบัติงานอื่นๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย