กลุ่มงานติดตามและประเมินผล กองแผนงาน ได้แยกหน่วยงานออกเป็นศูนย์คอมพิวเตอร์และฝ่ายติดตามประเมินผล ในปี 2536 โดยมีนางศรีสุรางค์ จิตชินะกุล เจ้าหน้าที่วิเคราะห์นโยบายและแผน 8ว เป็นผู้อำนวยการ กลุ่มงานติดตามและประเมินผล และหัวหน้าฝ่ายติดตามประเมินผล และว่าที่ร้อยตรีพรชัย เอี่ยมเศรษฐกุล นักวิชาการคอมพิวเตอร์ 6 เป็นหัวหน้าศูนย์คอมพิวเตอร์ ต่อมากรมการแพทย์ได้ตั้งหน่วยงานภายในขึ้นตรงต่ออธิบดีกรมการแพทย์ยกเป็นศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและการสื่อสารมีนายแพทย์พูลชัย จิตอนันตวิทยา เป็นผู้อำนวยการคนแรก หลังจากนั้นมีการเปลี่ยนผู้อำนวยการ
ต่อมาในปี 2558 กรมการแพทย์ได้ปรับเปลี่ยนโครงสร้างภายในใหม่ทำให้ศูนย์เทคโนโลยีสารสนเทศและ การสื่อสารถูกเปลี่ยนเป็นสำนักสารสนเทศการแพทย์ ตามคำสั่งกรมการแพทย์ที่ 1470/2557 และปัจจุบันได้มีการปรับชื่อใหม่เป็นสำนักดิจิทัลการแพทย์ โดยมีนายแพทย์ภัทรวินฑ์ อัตตะสาระ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการในช่วงการปรับเปลี่ยน และในปัจจุบัน สำนักดิจิทัลการแพทย์ บริหารงานและขับเคลื่อนองค์กรโดยมี ทันตแพทย์หญิง อรชร ทองบุราณ ดำรงตำแหน่งผู้อำนวยการ